Incluso después de miles de años, la arquitectura de Cnosos sigue mostrando lo inteligentes que eran los minoicos. El palacio se construyó en torno a un gran patio central, del que partían pasillos que conducían a un laberinto de habitaciones utilizadas para todo, desde almacenes y talleres hasta espacios de habitación y rituales religiosos.
Cnosos fue uno de los primeros complejos conocidos de Europa en presentar un diseño de varios pisos . Varios niveles estaban conectados por grandes escaleras y pozos de luz, que permitían que la luz natural y la corriente de aire llegaran a los espacios interiores, una comodidad sorprendentemente moderna en la Edad de Bronce.
Muchas habitaciones tenían fines específicos: largos polvorines para almacenar grano y aceite, piletas lustrales para la limpieza ritual, y cámaras ornamentadas como el Megaron de la Reina y la Sala del Trono
