Selbst nach Tausenden von Jahren zeigt die Architektur von Knossos immer noch, wie clever die Minoer waren. Der Palast wurde um einen großen zentralen Hof gebaut, von dem aus Korridore in ein Labyrinth von Zimmern führten, die für alles Mögliche genutzt wurden, von Lagerräumen und Werkstätten bis hin zu Wohnräumen und religiösen Ritualen.
Knossos war einer der ersten bekannten Komplexe in Europa, der ein mehrstöckiges Design aufwies. Mehrere Ebenen waren durch große Treppen und Lichtschächte verbunden, durch die natürliches Licht und Luftzufuhr in die Innenräume gelangten - ein überraschend moderner Komfort in der Bronzezeit.
Viele Zimmer hatten einen bestimmten Zweck: lange Magazine für die Lagerung von Getreide und Öl, Lustralbecken für rituelle Reinigungen und kunstvolle Kammern wie das Megaron der Königin und der Thronsaal, die wahrscheinlich als Raum für zeremonielle Versammlungen oder zur Zurschaustellung königlicher Autorität dienten.