Binlerce yıl sonra bile Knossos'un mimarisi Minosluların ne kadar zeki olduklarını görüntülemiştir. Saray büyük bir merkezi avlu etrafında inşa edilmiş olup bu avludan çıkan koridorlar depo ve atölyelerden yaşam alanlarına ve dini ritüellere kadar her şey için kullanılan odalardan oluşan bir labirente açılıyordu.
Knossos, Avrupa'da çok katlı bir tasarıma sahip olduğu bilinen ilk kompleksler arasındadır. Çeşitli katlar büyük merdivenler ve ışık kuyularıyla birbirine bağlanmış doğal ışığın ve hava akımının iç mekânlara ulaşmasını sağlayarak Bronz Çağı'nda şaşırtıcı derecede modern bir konfor sunmuştur.
Birçok odanın özel amaçları vardı: tahıl ve yağ depolamak için uzun magazinler, ritüel temizlik için lustral leğenler ve muhtemelen törensel toplantılar veya kraliyet otoritesinin sergilenmesi için bir alan olarak hizmet veren Kraliçe'nin Megaronu ve Taht Odası gibi süslü odalar.
