Chiar și după mii de ani, arhitectura din Knossos încă arată cât de inteligenți au fost minoicii. Palatul a fost construit în jurul unei curți interioare centrale mari, din care coridoarele duceau într-un labirint de camere folosite pentru orice, de la depozitare și ateliere la spații de locuit și ritualuri religioase.
Knossos a fost printre primele complexe cunoscute din Europa care au avut un design cu mai multe etaje. Mai multe niveluri erau conectate prin scări monumentale și puțuri de lumină, permițând luminii naturale și circulației aerului să ajungă în spațiile interioare, un confort surprinzător de modern în Epoca Bronzului.
Multe camere aveau scopuri specifice: magazii lungi pentru depozitarea cerealelor și a uleiului, bazine lustrale pentru curățarea rituală, și camere ornamentate precum Megaronul Reginei și Sala Tronului, care probabil serveau drept spațiu pentru întâlniri ceremoniale sau pentru afișarea autorității regale.
