Mesmo depois de milhares de anos, a arquitetura de Knossos ainda mostra como os minoanos eram inteligentes. O palácio foi construído em torno de um grande pátio central, de onde saíam corredores para um labirinto de salas usadas para tudo, desde armazenamento e oficinas até espaços ao vivo e rituais religiosos.
Knossos foi um dos primeiros complexos conhecidos na Europa a apresentar um design de vários andares. Vários níveis eram conectados por grandes escadarias e poços de luz, permitindo que a luz natural e o fluxo de ar chegassem aos espaços internos, um conforto surpreendentemente moderno na Idade do Bronze.
Muitos cômodos tinham finalidades específicas: longos compartimentos para armazenar grãos e óleo, bacias lustrais para limpeza ritual e câmaras ornamentadas como o Megaron da Rainha e a Sala do Trono, que provavelmente serviam de espaço para reuniões cerimoniais ou para a exibição da autoridade real.
