Nawet po tysiącach lat architektura Knossos wciąż pokazuje, jak sprytni byli Minojczycy. Pałac został zbudowany wokół dużego centralnego dziedzińca, z którego korytarze prowadziły do labiryntu pokoi używanych do wszystkiego, od magazynów i warsztatów po pokoje na żywo i rytuały religijne.
Knossos było jednym z pierwszych znanych kompleksów w Europie, który posiadał wielopiętrową konstrukcję ** . Kilka poziomów było połączonych wielkimi klatkami schodowymi i świetlikami**, umożliwiającymi dopływ naturalnego światła i powietrza do wnętrz, co było zaskakująco nowoczesnym udogodnieniem w epoce brązu.
Wiele pokoi miało określone przeznaczenie: długie magazyny do przechowywania zboża i oliwy, baseny lustrzane do rytualnego oczyszczania, a także ozdobne pokoje, takie jak Megaron Królowej i Tron królewski, które prawdopodobnie służyły jako przestrzeń do uroczystych zgromadzeń lub prezentowania władzy królewskiej.
