Selv etter tusenvis av år forestiller arkitekturen i Knossos fortsatt hvor dyktige minoerne var. Palasset var bygget rundt en stor sentral gårdsplass, hvorfra korridorer førte inn i en labyrint av rom som ble brukt til alt fra lager og verksteder til live-rom og religiøse ritualer.
Knossos var blant de første kjente kompleksene i Europa som hadde en design i flere etasjer. Flere nivåer var forbundet med grand staircases og lysbrønner, slik at naturlig lys og luftstrøm kunne nå innvendige rom, en overraskende moderne komfort i bronsealderen.
Mange rom hadde spesifikke formål: lange magasiner for lagring av korn og olje, lustrale bassenger for rituell renselse, og utsmykkede rom som dronningens Megaron og Trone Room, som sannsynligvis fungerte som et rom for seremonielle sammenkomster eller kongelig autoritet som skulle vises frem.
