Zelfs na duizenden jaren laat de architectuur van Knossos nog zien hoe slim de Minoërs waren. Het paleis was gebouwd rond een grote centrale binnenplaats, van waaruit gangen leidden naar een doolhof van kamers die voor van alles werden gebruikt, van opslag en werkplaatsen tot leefruimtes en religieuze rituelen.
Knossos was een van de eerste bekende complexen in Europa met een ontwerp met meerdere verdiepingen op . Verschillende niveaus waren met elkaar verbonden door grote trappen en lichtputten, waardoor natuurlijk licht en lucht de binnenruimtes konden bereiken, een verrassend modern comfort in het Bronzen Tijdperk.
Veel kamers hadden een specifiek doel: lange tijdschriften voor de opslag van graan en olie, lustrumbassins voor rituele reiniging en sierlijke kamers zoals de Megaron van de koningin en de Troonzaal, die waarschijnlijk dienden als ruimte voor ceremoniële bijeenkomsten of om koninklijke autoriteit te tonen.
