Anche dopo migliaia di anni, l'architettura di Cnosso dimostra quanto fossero abili i minoici. Il palazzo era costruito attorno a un grande cortile centrale da cui partivano corridoi che conducevano in un labirinto di camere utilizzate per qualsiasi cosa, dai magazzini ai laboratori, dagli spazi per vivere ai rituali religiosi.
Cnosso è stato uno dei primi complessi conosciuti in Europa a presentare un design a più piani . Diversi livelli erano collegati da grandi scale e pozzi di luce, che permettevano alla luce naturale e al flusso d'aria di raggiungere gli spazi interni, un comfort sorprendentemente moderno nell'Età del Bronzo.
Molte camere avevano scopi specifici: lunghi magazzini per conservare il grano e l'olio, bacini lustrali per la pulizia rituale e camere decorate come il Megaron della Regina e la Sala del Trono che probabilmente servivano come spazio per incontri cerimoniali o per esibire l'autorità reale.
