Même après des milliers d'années, l'architecture de Cnossos témoigne de l'ingéniosité des Minoens. Le palais était construit autour d'une grande cour centrale, d'où partaient des couloirs menant à un labyrinthe de chambres utilisées pour tout, du stockage et des ateliers aux espaces de vie et aux rituels religieux.
L'île de Cnossos a été l'un des premiers complexes connus en Europe à présenter une conception à plusieurs étages . Plusieurs niveaux étaient reliés par de grands escaliers et des puits de lumière, permettant à la lumière naturelle et à la circulation de l'air d'atteindre les espaces intérieurs, un confort étonnamment moderne à l'âge du bronze.
De nombreuses chambres avaient des fonctions spécifiques : de longs magasins pour stocker le grain et l'huile, des bassins lustraux pour la purification rituelle, et des chambres ornées comme le Mégaron de la Reine et la Salle du Trône, qui servaient probablement d'espace pour les rassemblements cérémoniels ou pour l'affichage de l'autorité royale.
