Selv efter tusinder af år viser arkitekturen i Knossos stadig, hvor dygtige minoerne var. Paladset var bygget op omkring en stor central gårdhave, hvorfra korridorer førte ud i en labyrint af værelser, der blev brugt til alt fra opbevaring og værksteder til live-rum og religiøse ritualer.
Knossos var blandt de første kendte komplekser i Europa, der havde et design med flere etager. Flere niveauer var forbundet med hovedtrapper og lysbrønde, så naturligt lys og luftstrøm kunne nå ind i de indre rum, en overraskende moderne komfort i bronzealderen.
Mange værelser havde specifikke formål: lange magasiner til opbevaring af korn og olie, lysende bassiner til rituel renselse og udsmykkede kamre som dronningens megaron og tronen, som sandsynligvis fungerede som et rum for ceremonielle sammenkomster eller kongelig autoritet, der skulle vises frem.
